Un parcours historique
La visite du musée est conçue comme une traversée de l'histoire religieuse et intellectuelle de la France et de sa laborieuse conquête de la tolérance à travers le destin de sa minorité protestante. La religion y est présentée non seulement dans ses aspects confessionnels et spirituels mais aussi comme une culture qui apporte une meilleure compréhension de la vision du monde et de ses pratiques intellectuelles, politiques voire économiques.

Un fonds unique
La Bibliothèque du Musée possède un fonds d'environ 13 000 livres, 400 revues, 300 iconographies et documents. Elle assure ainsi la conservation d'un patrimoine local important qui ne cesse de s'accroitre.

Histoire et vie des familles
La section Généalogie met à la disposition des internautes sur le site du Musée (www.mpehl.org) les listes "éclairs" de toute sa base de généalogie.

La vie du Musée aujourd'hui et demain
En plus des visites (plus de 1600 par an), le Musée organise tous les ans des animations printanières et des "estivales" (marches découvertes, conférences, etc.)
Le Musée s'est installé en août 2010 dans un nouveau bâtiment avec un parcours des visiteurs omplètement différent (nouvelle muséographie).